I 1696 bliver den unge Christopher Ellis indkvarteret i Tower of London, fordi han skal assistere den navnkundige naturvidenskabsmand sir Isaac Newton. Newton er bes tyrer af Den Kongelige Engelske Mønt, der holder til inden for Towers mure, og han er blevet pålagt at opspore og retsforfølge de falskmøntnere, hvis produkter truer med at få den krigssvækkede økonomi til at bryde sammen. Ellis besidder ikke Newtons videnskabelige tankegang, men han er hurtig på aftrækkeren og viser sig at blive en uvurderlig hjælper og en hengiven lærling for Newton.De to mænd indleder en vild jagt på falskmøntnerne. Jagten fører dem til galehuset Bedlam, til det lurvede og beklumrede Newgatefængsel og derfra tilbage til Tower igen. Newton og Ellis opdager, at falskmøntneriet kun er et lille hjørne af et stort og meget farligt komplot, der rækker ind i magtens og adelens højeste kredse og udgør en trussel mod langt mere end blot den engelske økonomi.MØRKT STOF er en usædvanlig, delvis sandfærdig og uhyggelig rejse gennem Londons mindre respektable gader i selskab med den begavede Newton og hans trofaste protegé. Historien er fuld af politik, videnskab, mystik og religion, som det kendetegnede livet i London i slutningen af det syttende århundrede.