Den rubinrøde krønike af John Stephens er en skønlitterær ungdomsroman og anden del i serien Bøger fra Begyndelsen, som handler om de tre søskende Kate, Michael og Emma.

Kate, Michael og Emma er opsatte på, at fortsætte jagten på deres forsvundne forældre, selvom de selv er i stor fare. På grund af den store fare, sender troldmanden Stanislaus Pym børnene tilbage til Edgar Allan Poe-anstalten, som er for håbløst, uforbederlige børn, da han mener at de tre søskende er i sikkerhed der. Men der tager han fejl.

Inden længe kommer børnenes fjender efter dem, og da der sker et frygteligt og nervepirrende angreb, bliver Kate adskilt fra sine to søskende, og sendt over hundrede år tilbage i tiden. Her møder hun en meget gådefuld dreng, og det viser sig, at drengens skæbne er forbundet med hendes egen.

Emma og Michael må drage til verdens ende, i håb om at finde en bog: Livets bog, hvis de ikke vil miste Kate for altid, og de skal skynde sig, da tiden er knap, og de hver især har et uhyre i hælene.

Derudover skal de alle sammen tænke over hver eneste ting de gør, da ingenting er hvad det ser ud til at være.