Det er lige efter murens fald. En i det danske system højt placeret russisk spion – den sidste spion – jages. Der er én spion i den danske efterretningstjeneste og én KGB-mand, der kan afsløre ham. Jette Jansen, chef for Politiets Efterretningstjeneste, er villig til at betale prisen. Også selvom konsekvensen er, at hun skal tage kontakt med Tom Grubowski, en tidligere kæreste og kollega, der arbejder i Thailand.

Den sidste spion er andet bind i Leif Davidsens store russiske trilogi, der også omfatter Den russiske sangerinde og Den troskyldige russer.