Mutant-teamet X-Men står overfor store problemer, da en ukendt mutant laver et attentat mod den amerikanske præsident. I offentligheden er der stemning for en stram lovgivning mod mutanterne. Kampagnen er anført af den tidligere general William Stryker, der har helt andre motiver for jagten på mutanterne. Det er nu op til professor Charles Xavier og hans X-Men at sætte tingene på plads.
